Sākoties Otrajam pasaules karam 1939. gada 1. septembrī Latvija pasludināja neitralitāti, tā mēģinot izvairīties no iesaistīšanās kara darbībā un vēloties saglabāt savu valstisko suverenitāti. PSRS politiskā spiediena rezultātā Latvijas neitralitāte tika būtiski pārkāpta un ierobežota 5. oktobrī, kad tika parakstīts Latvijas un PSRS „savstarpējās palīdzības” līgums, kas noteica 25 000 cilvēku liela padomju karaspēka klātbūtni Latvijas teritorijā. Rūpējoties par valsts nākotni, Latvijas valdība 1940. gada 17. maijā pieņēma lēmumu par ārkārtējo pilnvaru piešķiršanu sūtnim Lielbritānijā Kārlim Zariņam un pēc viņa Latvijas sūtnim ASV Alfrēdam Bīlmanim. Ārkārtējās pilnvaras nespēja novērst Latvijas okupāciju un valstiskās neatkarības zaudēšanu de facto, tomēr kalpoja par instrumentu Latvijas valsts de iure pastāvēšanas nodrošināšanā kara un pēckara gados. Neskatoties uz Latvijas faktiskās suverenitātes zaudēšanu, kara gados tā turpināja de iure pastāvēt kā starptautisko tiesību subjekts. To apliecināja arī Otrā pasaules kara laikā pret Ass valstīm karojošo Rietumu sabiedroto lielvalstu - ASV un Lielbritānijas nostāja, kuras uzskatīja Baltijas valstu pakļaušanu PSRS, bet vēlāk Vācijai, par nelikumīgu un spēkā neesošu. No Latvijas valsts tiesiskā viedokļa nelikumīga bija gan Latvijas PSR valdība, kas kara gados bija evakuējusies uz PSRS, gan Latvijas Zemes pašpārvalde, kas bija izveidota nacistu okupētajā Latvijā. Vienīgie likumīgie Latvijas Republikas pārstāvji K. Zariņš un A. Bīlmanis, kuru statusu pilnā vai daļēji ierobežotā veidā atzina arī viņu mītņu zemju - Lielbritānijas un ASV valdības, vēlējās sekmēt Rietumu demokrātiju uzvaru karā, tomēr viņu mēģinājumi panākt Latvijas oficiālu pievienošanos 1941. gada 14. augustā parakstītajai Atlantijas hartai un 1942. gada 4. janvārī pieņemtajai Apvienoto Nāciju deklarācijai tika noraidīti.
1940. gada 16. jūnijā pēc padomju karaspēka vienību uzbrukuma Latvijas robežposteņiem Masļenkos un Smaiļos, kas bija brīdinājums par militāra spēka lietošanu, PSRS uzstādīja Latvijas valdībai ultimātu, pieprasot tās atkāpšanos un neierobežota skaita padomju karaspēka ievešanu. Valsts prezidents Kārlis Ulmanis un valdība nolēma nepretoties, vēl saglabājot cerības par Latvijas suverenitātes saglabāšanu. 1940. gada 17. jūnijā PSRS okupēja Latviju. Pēc Latvijas valdības piespiedu atkāpšanās izveidoja t.s. „Tautas valdību” ar Augustu Kirhenšteinu priekšgalā, kas darbojās PSRS sūtniecības un no Maskavas atsūtītā ārlietu tautas komisāra pirmā vietnieka Andreja Višinska kontrolē. K. Ulmanis, atrazdamies mājas arestā, formāli turpināja pildīt Valsts prezidenta pienākumus. „Tautas valdība” par darbības mērķi izvirzīja demokrātiskas valsts iekārtas izveidošanu, līguma ar PSRS nodrošināšanu, bet ne iestāšanos Padomju Savienībā. Lai leģitimizētu jauno varu, īsā laikā tika sarīkotas parlamenta vēlēšanas, kas notika 14. un 15. jūlijā. Vēlēšanu organizēšanā un norisē pārkāpa Latvijas Republikas Satversmi, pret balsotājiem izdarīja spiedienu un tās norisinājās padomju karaspēka klātbūtnē. Lozungs par Latvijas pievienošanu PSRS Latvijas iedzīvotājus pārsteidza tikai pēc jaunā parlamenta ievēlēšanas. 21. jūlijā sanākusī „Tautas Saeima”, manipulējot ar it kā tautas izteiktu gribu, vienbalsīgi pasludināja Latvijā padomju varas nodibināšanu un pieņēma lēmumu par iestāšanos PSRS. Tādā veidā pārkāpa Latvijas Republikas Satversmi, kas paredzēja valsts suverenitātes, iekārtas un teritorijas izmaiņas izlemt tautas nobalsošanā. 5. augustā Latviju kā Latvijas Padomju Sociālistisko Republiku iekļāva PSRS sastāvā, noslēdzot valsts aneksiju. Ar militāru draudu palīdzību notikusī Latvijas okupācija un tai sekojošā aneksija PSRS sastāvā bija nelikumīgs agresijas akts un rupjš starptautisko tiesību pārkāpums.
Pēc Vācijas uzbrukuma PSRS Latvija 1941. gada vasarā nonāca nacionālsociālistiskās Vācijas pakļautībā, kas uzskatīja Latviju nevis par atbrīvotu neatkarīgu valsti, bet gan par okupētu PSRS teritoriju. Sākotnēji Latvija atradās vācu militārās, bet no 1. septembra civilās pārvaldes pakļautībā. Latvijas, Igaunijas, Lietuvas un Baltkrievijas ģenerālapgabali kļuva par nacistu izveidotā Ostlandes reihskomisariāta sastāvdaļu, pie tam Rīgā atradās ne tikai Latvijas, bet arī visas Ostlandes civilās pārvaldes, militārās pavēlniecības, kā arī SS un Policijas galvenās institūcijas. Būtiskas izmaiņas Latvijas pārvaldībā notika pēc tam, kad PSRS Sarkanā armija 1944. gada 30. jūlijā straujā triecienā izrāvās līdz Rīgas jūras līcim pie Tukuma un uz trim nedēļām pāršķēla Latvijas teritoriju uz pusēm, bet 13. oktobrī ieņēma Rīgu. Vācu okupācijas varas iestādes reducētā veidā turpināja darboties Kurzemē, kas 1945. gada 21. janvārī nonāca SS reihsfīrera Heinriha Himlera pakļautībā un kļuva par vienīgo SS pārvaldīto teritoriju Otrā pasaules kara laikā. Kaut arī vācu ģenerālplāna „Ost” varianti paredzēja Baltijas kolonizāciju un ģermanizāciju, to īstenošanu būtiski ietekmēja Vācijas militārās sakāves Otrā pasaules kara frontēs. Līdz ar to praksē dominēja tuvākā laika plāni, kuros Latvijas ģenerālapgabala galvenais uzdevums bija apgādāt vācu armiju grupu „Nord”, bet aizvien tālāk atvirzījās tālākā laika plāni, kas paredzēja Latvijas padarīšanu par vācu dzīves telpu un pievienošanu Vācijas reiham. Reālais militārais un politiskais stāvoklis un nepieciešamība sekmēt vietējo iedzīvotāju atbalstu Vācijas kara mērķu sasniegšanai noteica to, ka dažādās Okupēto Austrumu apgabalu reihsministrijas un SS reihsfīrera institūcijās tika izstrādāti vairāki Latvijas autonomijas projekti, kas līdz kara beigām gan neguva Vācijas vadītāja Ādolfa Hitlera akceptu un ievērību.
1944. gada 17. jūlijā Sarkanās armijas 1., 2. un 3. Baltijas frontes karaspēks sasniedza Latvijas robežu, un Vidzemē un Latgalē nacistisko okupāciju nomainīja atkārtota PSRS okupācija. Iekarotās teritorijas pārvaldīšanai sākotnēji izveidoja speciālas institūcijas - Latvijas Komunistiskās partijas Centrālās komitejas operatīvās grupas, kas sekoja Sarkanajai armijai un sastāvēja no vadošiem partijas darbiniekiem. Lai gan tām ļāva pārņemt civilo pārvaldi, tomēr to darbība bija visai ierobežota, jo faktiskā vara piederēja PSRS bruņotajiem spēkiem un padomju drošības iestādēm. Arī vēlāk no Krievijas atgriezusies Latvijas PSR valdība bija tikai instruments, ar kura palīdzību varēja īstenot PSRS okupācijas politiku Latvijā. Jau 1944. gada 23. augustā daļu no Latvijas austrumu teritorijas - Abreni un sešus blakus esošos pagastus pievienoja Krievijas Padomju Federatīvajai sociālistiskajai republikai. 1944. gada 13. oktobrī PSRS Sarkanā armija ieņēma Rīgu, kuru organizēti jau bija atstājis vācu karaspēks, atkāpjoties uz Kurzemi. Latvijas iedzīvotāju vairākums nevēlējās atkārtotās padomju okupācijas režīma atgriešanos, taču bija spiests samierināties ar tā klātbūtni, iespēju robežās ieņemot nogaidošu pozīciju vai arī sadarbojoties vai norobežojoties no tā.
Neskatoties uz valstiskās suverenitātes zaudēšanu un okupācijas varu klātbūtni Latvijā Otrā pasaules kara laikā norisinājās nacionālā pretošanās kustība pret iekarotājiem. 1940.-1941. gadā Latvijā izveidojās vairākas pretošanās organizācijas, kas izdeva nelegālus uzsaukumus, sabotēja PSRS okupācijas varas rīkojumus un gatavojās bruņotai cīņai par Latvijas neatkarības atjaunošanu. Pretošanās kustībā aktīvi iesaistījās skolu jaunatne. Pēc Vācijas-PSRS kara sākuma 1941. gada vasarā aktīvu darbību pret okupantiem un viņu atbalstītājiem uzsāka latviešu nacionālie partizāni. Nacistiskās okupācijas laikā par pretošanās kustības politisko centru centās kļūt 1943. gada 13. augustā Rīgā slepeni nodibinātā Latvijas Centrālā padome, ko veidoja pirmskara lielāko politisko partiju pārstāvji ar Konstantīnu Čaksti priekšgalā. LCP iestājās par demokrātiskas Latvijas Republikas atjaunošanu, balstoties uz 1922. gada Satversmi, sagatavoja vairākus memorandus Rietumu valdībām, un uzturēja kontaktus ar pārējo Baltijas valstu pretošanās kustībām un bijušo Latvijas sūtni Stokholmā Voldemāru Salno. 1944. gada vasarā-rudenī, vienai okupācijas varai nomainot otru, LCP nespēja īstenot plānus par Latvijas pagaidu valdības izveidošanu un militārās sacelšanās organizēšanu. Pēc ģenerāļa Jāņa Kureļa grupas galveno spēku apcietināšanas 1944. gada 14. novembrī Kurzemē, bruņotu pretestību nacistiem izrādīja leitnanta Roberta Rubeņa bataljona karavīri, kuri līdz 9. decembrim sekmīgi atsita daudzus vācu uzbrukumus, līdz dzīvi palikušie pārspēka mākti bija spiesti izklīst. Jau 1944. gada rudenī Latvijā sāka veidoties bruņota pretošanās kustība, kas bija vērsta pret atkārtoto PSRS okupāciju. Par partizāniem kļuva cilvēki, kuri vēlējās atgūt Latvijas neatkarību vai kam draudēja padomju varas represijas. Lielākās nacionālo partizānu kaujas ar PSRS bruņotajiem formējumiem notika 1945. gada martā Stompaku purvā, Latgalē un decembrī Kabilē, Kurzemē. Turpinājās arī skolu jaunatnes pretošanās okupantiem.
Politiskās represijas pret Latvijas iedzīvotājiem sākās uzreiz pēc valsts okupācijas 1940. gada 17. jūnijā. PSRS okupācijas vara Latvijā apcietināja 3353 cilvēkus, t.sk. lielu daļu bijušo Latvijas Republikas amatpersonu, arī Valsts prezidentu un citus valdības locekļus Apsūdzības balstījās uz Krievijas PFSR Kriminālkodeksa 58. pantu, kas paredzēja sodus par t.s. „kontrrevolucionāriem noziegumiem”, to skaitā par „Dzimtenes nodevību”. Represijas savu kulmināciju sasniedza 1941. gada 13./14. jūnijā, kad vienas nakts laikā uz PSRS aizveda 15 443 Latvijas iedzīvotājus - vīriešus, sievietes un bērnus. Viņu vidū bija arī daudzi bijušās Latvijas armijas karavīri un virsnieki, kurus Litenes nometnē nošāva uz vietas vai masveidā apcietināja un deportēja uz PSRS. Cilvēku masveida slepkavības notika Rīgas Centrālcietumā, Dreiliņos, Stopiņos, Baltezerā, Katlakalnā un citās vietās. 1940.-1941. gadā arestēja, nogalināja un represēja ap 26 000 Latvijas iedzīvotāju.
Vācu okupācijas varas represīvā politika Latvijā vērsās pret rases ienaidniekiem, politiskajiem pretiniekiem un okupācijas režīma noteikumus neievērojošajiem cilvēkiem. Nacistu organizētajā un ar vietējo iedzīvotāju līdzdalību īstenotajā holokaustā tika noslepkavoti ap 70 000 vietējo un ap 20 000 ārzemju ebreju. Okupācijas vara iznīcināja arī ap 2000 čigānu un 2271 psihiski slimu cilvēku. Citu nacistu represēto Latvijas pilsoņu kopskaits ietver ap 15 000 nogalinātos un nacistu cietumos un nometnēs ieslodzītos, un piespiedu kārtā darbos uz Vāciju nosūtītos cilvēkus, kuru skaits sasniedza no 16 000 līdz 25 000 personu.
Atkārtotas PSRS okupācijas rezultātā 1944.-1945. gadā frontes aizmugurē atrodošais represīvais iekšējais karaspēks un padomju drošības iestādes vērsās pret Latvijas iedzīvotājiem nevis kā pret PSRS pilsoņiem, bet gan kā pret okupētas teritorijas iedzīvotājiem. Pēc Vācijas armijas kapitulācijas Kurzemē 1945. gada 8. maijā, ķēdēs izkārtotas Sarkanās armijas vienības pārmeklēja tikko iekarotos apgabalus un personības noskaidrošanai aizturēja visus 16-60 gadus vecus vīriešus. Bieži vien karagūstekņus un filtrācijā nonākušos civilistus pārsūtīja uz filtrācijas nometnēm PSRS tālākos apgabalos, kur viņiem vajadzēja strādāt piespiedu darbu PSRS rūpniecības un celtniecības objektos. Daudzus apcietinātos notiesāja pēc Krievijas PFSR Kriminālkodeksa 58. Panta par Dzimtenes nodevību, un ieslodzīja padomju koncentrācijas (Gulaga) nometnēs un specnometinājumā, no kurienes daudzi neatgriezās.
Kara darbība no 1939. līdz 1945. gadam starp Ass valstīm un Sabiedrotajiem prasīja vairāk kā 55 miljonu civiliedzīvotāju un militārpersonu dzīvību. Pirmoreiz vēsturē, pasaules karam piemita totāla kara raksturs, kas skāra visplašākos tajā iesaistīto valstu iedzīvotāju slāņus, tā laikā tika veikti masveida kara noziegumi pret mieru un civiliedzīvotājiem. Otrais pasaules karš karojošām valstīm un okupētajām teritorijām prasīja milzīgus cilvēku, materiālo un garīgo resursu zaudējumus. Ja demokrātiskās ASV un Lielbritāniju ar totalitāro Padomju Savienību vienoja cīņa pret kopīgu ienaidnieku - nacionālsociālistisko Vāciju, tad to kara mērķi un ideoloģija tomēr bija diametrāli pretēji, ko apliecināja arī jau kara noslēgumā iezīmējušās militāri-politiskās pretrunas, un it īpaši jau pirmajos pēckara gados uzsāktais Aukstais karš bijušo sabiedroto - PSRS un Rietumu lielvalstu starpā. Ja Otrā pasaules kara beigas nacistu okupētās Rietumeiropas iedzīvotājiem nozīmēja brīvības atgriešanos, turpretī Austrumeiropa nonāca komunistiskās totalitārās sistēmas varā. Otrais pasaules karš un tā beigas Latvijai nenozīmēja atbrīvošanu un uzvaru pār absolūto ļaunumu, bet gan neatkarības zaudēšanu un viena ļaunuma nomaiņu ar otru.
A. Ezergailis, A. Nazi Soviet Disinformation about the Holocaust in Nazi-Occupied Latvia. Daugavas Vanagi: Who Are They? Revisited, Riga, Latvijas 50 gadu okupācijas muzeja fonds, 2005
V.O. Lumans, Latvia in World War II. New York, Fordham University Press, 2006
D. Bleiere, I. Butulis, I. Feldmanis, A. Stranga un A. Zunda, Latvija Otrajā pasaules karā (1939–1945), Rīga, Jumava, 2008
B.M. Felder, Lettland im Zweiten Weltkrieg. Zwischen sowjetischen und deutschen Besatzern 1940-1946, Paderborn, Schöningh, 2009
U. Neiburgs un V. Zelče (red.), (Divas) puses. Latviešu kara stāsti: Otrais pasaules karš karavīru dienasgrāmatās, Rīga, Mansards, 2011
U. Neiburgs, „Dievs, Tava zeme deg!”. Latvijas Otrā pasaules kara stāsti, Rīga, Lauku Avīze, 2014
